灵活就业扣钱变少的主要原因可归纳为以下四点，涵盖政策调整、缴费基数变化及系统操作等方面：
政策调整与缴费基数变化 
- 2024年6月起，灵活就业人员社保缴费基数不再强制自动扣款，需手动缴纳。同时，部分地区（如湖南省）因社平工资下降导致缴费金额减少。
- 新政策允许灵活就业者自主选择缴费档次，基数可低于社平工资60%，直接降低缴费金额。
系统操作与账户问题
- 银行账户信息错误、账户冻结或银行系统故障可能导致扣款失败。
- 部分地区因系统未完全理顺，可能出现阶段性扣款延迟。
缴费方式变化
- 个税改革后，社保费用与个税合并计算，需自行补缴差额，部分灵活就业者因未及时补缴导致扣款减少。
收入与基数选择
- 个人收入下降或主动选择低基数缴费会直接影响扣款金额。
建议：
定期核对缴费信息，确保银行账户有效；关注当地社保政策调整，及时选择合适基数；若扣款异常，可联系社保机构或银行排查系统问题。