截至2024年，北京市十一学校共有 4个正式分校，具体如下：
十一学校龙樾实验中学 
- 成立于2019年，位于海淀区，秉承本校办学理念，注重创新精神和实践能力培养。
十一晋元中学
- 前身为北京市第三十五中学，2015年更名，同样位于海淀区，聚焦创新思维与实践能力。
亦庄实验中学
- 位于大兴区，全日制寄宿制学校，强调综合素质与社会责任感培养。
十一学校一分校
- 成立于1953年，北京市最早公立完全中学之一，以全面发展为目标。
补充说明：
部分信息提到“北京实验学校（海淀）”等非本校分校，但该学校为独立法人，属于联盟合作性质，不计入统计。- 2025年新增的“北京城建·世华龙樾社区十一学校国际部”等尚未正式纳入统计。